Sejarah asal mula desa seringkali tertuang dalam dongeng-dongeng yang diwariskan secara turun-temurun dan disampaikan dari mulut kemulut.Sehingga sulit dibuktikan kebenarannya secara fakta.

Sejarah tentang asal mula Desa Margosuko diantaranya yang paling populer adalah pada pertengahan abad ke 18 paska perang pajang yaitu perang besar ditanah jawa antara bangsawan kesultanan pajang , banyak bangsawan dan tentara yang melarikan diri dari kerajaan akibat perang saudara. Salah satu daerah pelarian adalah Tuban. Dalam perjalanan ke Tuban para bangsawan dan prajurit pajang berhenti dan beristirahat untuk mencari tempat yang aman salah satu tempat peristirahatan bangsawan tentara pajang adalah petilasan yang ada didaerah margosuko ( sekarang ) di petilasan tersebut ditanami Bunga Soko dan membuat sumur untuk memenuhi kehidupan sehari – hari . untuk mengenang peristiwa tersebut dan menandai daerah tersebut akhirnya para bangsawan tersebut menamai daerah tersebut dengan Margosuko

Sejak Terbentuk Desa Margosuko yang terdiri dari empat dusun yaitu Dusun Sruki, Jegong, Kandang, dan Dusun Mamer tiap Dusun dipimpin seorang Kepala Dusun.

Seiring dengan perkembangan zaman maka keempat dusun berubah menjadi satu Desa yaitu Desa Margosuko. Sejak terbentuk Desa Margosuko telah mengalami pergantian kepemimpinan (kepala desa) sebagai berikut:

Kepala Desa Margosuko ke-I bernama KASTURI

• Kepala desa Margosuko ke-II bernama SUNDANI
• Kepala desa Margosuko ke-III bernama SINGORAM
• Kepala desa Margosuko ke-IV bernama KASAN TARMUJI
• Kepala desa Margosuko ke-V bernama MOCHAMAD RAMELI, SE
• Kepala desa Margosuko ke-VI bernama ISPILIN, SE
• Kepala desa Margosuko sekarang bernama KRAMAYUDA ROMILINDO DIJAYA PRAWIRA PUTRA, S.H