Secara geografis Desa Margosuko terletak pada posisi 7020 Lintang Selatan dan 1115-11213 Bujur Timur. Topografi ketinggian desa ini adalah berupa daratan sedang yaitu sekitar 56 m di atas permukaan air laut. Berdasarkan data BPS kabupaten Tuban tahun .2004, selama tahun 2004 curah hujan di Desa Margosuko rata-rata mencapai 1830mm. Curah hujan terbanyak terjadi pada bulan September hingga mencapai 1900 mm yang merupakan curah hujan tertinggi selama kurun waktu 71 – 80 hari

Secara administratif, desa  Margosuko terletak di wilayah Kecamatan Bancar Kabupaten Tuban dibatasi oleh desa desa tetangga diantaranya :

Sebelah Utara	: Laut Jawa
Sebelah Selatan	: Desa Ngampelrejo
Sebelah Barat	: Desa Bancar
Sebelah Timur	: Desa Pulogede

 

Jarak tempuh Desa Margosuko ke ibu kota kecamatan adalah 5 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 15 Menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota kabupaten adalah 35 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 45 Menit.